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| 內容簡介： |
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《水产生物信息学》系统地介绍了水产生物信息学的发展历史、基本原理、研究方法和前沿进展。《水产生物信息学》共十三章，内容包括水产生物信息学概述和基础、生物信息数据库、序列分析与比较、蛋白质结构与功能预测、基因组测序与组装、基因组结构和功能注释、系统发育与基因组快速进化、水产转录组学及其研究进展、水产生物基因组研究进展、水产生物非编码RNA及其研究进展、水产生物表观遗传学及其研究进展和生物信息分析环境介绍及搭建等。
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| 目錄：
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目录前言第一章 水产生物信息学概述 1第一节 生物信息学概述 1一、生物信息学 1二、生物信息学的主要研究内容 3三、分子生物学的典型应用软件 7第二节 生物信息学的发展简史 8第三节 水产生物信息学的应用与发展前景 10一、生物信息学技术在水产领域的应用 10二、水产生物信息学的发展前景 13第二章 水产生物学基础 14第一节 生物大分子 14一、生物大分子的结构 14二、DNA和RNA 15三、蛋白质 23第二节 中心法则 24一、DNA的复制 25二、转录 26三、翻译 28四、中心法则的修正、补充和发展 29五、基因表达调控 30第三节 基因组、转录组、蛋白质组和表观组 34一、基因组 35二、转录组 37三、蛋白质组 37四、表观组 38第三章 生物信息数据库 41第一节 数据库概述 41一、数据库简介 41二、数据库结构 42第二节 常用生物信息数据库的检索方式 47一、Entrez 47二、SRS 48第三节 水产生物信息数据库 49一、生物信息数据库 49二、常用水产生物信息数据库 50三、 蛋白质数据库 51四、功能数据库 53第四章 序列分析与比较 56第一节 序列分析 56一、核酸序列分析 56二、蛋白质序列分析 57第二节 序列比对概述 68第三节 序列两两比对 69一、序列两两比对的算法 69二、序列两两比对的工具 70三、序列两两比对分析实例 70第四节 多序列比对 73一、多序列比对算法 73二、多序列比对软件 75三、多序列比对分析实例 76第五章 蛋白质结构与功能预测 81第一节 蛋白质结构的不同层次 81第二节 蛋白质一级结构及其获得方法 84第三节 蛋白质二级结构分析 86一、蛋白质二级结构的预测方法 86二、预测水产生物蛋白质二级结构 86第四节 结构域分析 86一、蛋白质结构域的预测方法 86二、水产生物蛋白质结构域的分析 88第五节 蛋白质三级结构分析 89一、蛋白质三级结构的解析方法 89二、水产生物蛋白质三级结构的分析 91第六章 基因组测序与组装 95第一节 基因组测序原理与方法 95一、基因组测序的发展历程 95二、基因组测序的原理 97三、基因组测序流程 102第二节 基因组组装原理与方法及基因组组装评估 109一、基因组组装原理 109二、基因组组装方法 110三、基因组组装评估 113第三节 水产生物基因组组装技术与特征 114一、水产生物基因组组装策略 114二、水产生物基因组组装特征 116第七章 基因组结构和功能注释 120第一节 引言 120第二节 重复序列识别 120一、重复序列的概念 120二、重复序列的分类 121三、重复序列识别的方法 121四、软件的操作 125第三节 基因组注释 131一、基因注释的策略 131二、基因组注释流程 131三、从头预测 132四、基于转录组数据的基因预测 134第四节 基因功能注释 135一、主流数据库 135二、比对软件 139第五节 基因家族聚类分析 141一、基因家族的概念 141二、基因家族聚类分析前数据处理和准备 141三、基因家族聚类的几种软件 142第八章 系统发育与基因组快速进化 147第一节 分子进化与系统发育的理论基础 147一、分子进化的理论基础 148二、分子系统发育分析 149第二节 系统进化树的构建 150一、PHYLIP 150二、MrBayes 151三、PAUP* 152四、RAxML 152五、PhyML 152六、TREE-PUZZLE 153七、IQ-TREE 153八、MEGA 153第三节 水产动物的系统发育与基因组快速进化 160一、水产物种鉴定 160二、水产生物的分子进化分析 161三、正选择和快速进化 162第九章 水产转录组学及其研究进展 167第一节 转录组测序技术概况 167一、转录组的基本概念 167二、转录组研究技术的发展 167第二节 转录组分析流程 169一、RNA-seq试验设计 169二、RNA-seq文库制备 170三、测序数据存储格式 170四、测序数据质量控制 171五、转录组拼接 175六、差异表达分析 180七、富集分析 181第十章 水产生物基因组研究进展 184第一节 水产生物基因组研究概述 184一、水产生物基因组研究主要进展 184二、水产生物基因组的特征 185第二节 典型水产生物基因组研究 186一、鱼类基因组 186二、虾蟹类基因组 193三、贝类基因组 198四、藻类基因组 201五、棘皮动物基因组 206第十一章 水产生物非编码RNA及其研究进展 223第一节 非编码RNA 223第二节 microRNA测序及分析方法 224一、miRNA的形成与分子机制 224二、miRNA的调控机制 224三、miRNA测序 226第三节 lncRNA测序及分析方法 228一、lncRNA的分类 229二、lncRNA的特性 229三、lncRNA测序 229第四节 circRNA测序及分析方法 229一、circRNA的生物合成 230二、circRNA的特性 230三、circRNA的分类 231四、circRNA的主要功能 231五、circRNA测序 233第十二章 水产生物表观遗传学及其研究进展 236第一节 表观遗传学的内涵和研究内容 236第二节 表观遗传研究技术手段 237一、DNA甲基化 237二、组蛋白修饰 237三、非编码RNA 238四、染色质重塑 239五、RNA甲基化 239第三节 表观遗传在水产动物中的应用 239一、表观遗传在性别决定和分化中的研究 239二、表观遗传在抗病抗逆方面的研究 241三、表观遗传在生长发育方面的研究 242第十三章 生物信息分析环境介绍及搭建 247第一节 Linux系统概述 247一、用于生物信息分析的计算机操作系统简介 247二、从Unix到Linux 248三、Linux发行版本 248第二节 建立和运行Linux系统工作环境 250一、安装Linux系统和虚拟机 250二、Linux系统的基本使用 256三、登录远程计算机 269第三节 基于Linux的常用生物信息分析软件 275一、常用序列处理工具 275二、本地BLAST 281
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